Computational Biology & Bioinformatics Expert (PhD)

О позиции

Мы создаём системы искусственного интеллекта нового поколения, которым необходимы высококачественные реальные данные из биологических областей. В этой позиции вы станете ключевым экспертом, который поможет моделям научиться понимать сложные биологические процессы через тщательный анализ, валидацию и подготовку научных данных. Мы ценим глубину научных знаний, практический опыт работы с крупномасштабными данными и способность эффективно коммуницировать как с технической, так и с нетехнической аудиторией.

Чем заниматься

• Проектирование, оценка и критика пайплайнов биоинформатики и вычислительной биологии для поддержки инициатив по бенчмаркингу ИИ
• Предоставление экспертных знаний по анализу геномных, транскриптомных и протеомных данных
• Оценка и оптимизация параметров пайплайнов, конфигураций инструментов и статистических методов для точности и воспроизводимости
• Анализ биологических наборов данных (NGS, RNA-seq, variant calling, структура белков) и предоставление практических рекомендаций
• Использование предметных знаний для руководства разработкой и валидацией биологических ИИ-моделей и инструментов
• Документирование методологий и лучших практик для передачи знаний внутри команды

Что ждут

• PhD в области биоинформатики, вычислительной биологии, геномики или смежной области, либо эквивалентный промышленный/исследовательский опыт
• Свободное владение английским языком (письменно и устно), уровень C1 и выше
• Практический опыт анализа биологических данных (NGS, RNA-seq, variant analysis)
• Владение Python и/или R для научного анализа; опыт работы с биоинформатическими инструментами (BLAST, samtools, GATK, Bioconductor, Biopython)
• Опыт построения воспроизводимых пайплайнов с использованием Nextflow или Snakemake; комфортная работа в Linux/command-line среде
• Сильные статистические и количественные навыки аналитического мышления
• Отличные письменные и устные коммуникационные способности с возможностью ясно документировать технические концепции

Будет плюсом

• Опыт работы с ИИ/ML-ассистированными биологическими пайплайнами или бенчмаркингом
• Рецензируемые публикации, патенты или вклад в open-source биоинформатическое ПО
• Бэкграунд в single-cell analysis, структурной биологии, протеомике или разработке лекарств

Условия

• Дистанционная работа из любой точки мира
• Работа над передовыми проектами на стыке биоинформатики и машинного обучения
• Гибкие условия контракта для специалиста с экспертизой PhD уровня
• Возможность влиять на развитие технологий ИИ в биологических науках
• Конкурентоспособная оплата за контрактную работу

Навыки

• Python
• R
• Nextflow
• Snakemake
• Linux
• NGS
• RNA-seq
• Variant Calling
• Protein Structure
• Genomics
• Transcriptomics
• Proteomics
• Statistical Analysis
• Data Pipelines
• Bioconductor
• Biopython
• BLAST
• samtools
• GATK
• Computational Biology
• Bioinformatics
• Machine Learning
• Artificial Intelligence

Могут спросить на собеседовании

1. Опишите опыт разработки и оптимизации биоинформатических пайплайнов для анализа геномных данных. Какие вызовы вы встречали и как их решали?
2. Как бы вы оценили качество и достоверность результатов анализа variant calling? Какие метрики используете?
3. Расскажите о вашем опыте работы с воспроизводимыми workflow-системами (Nextflow/Snakemake). Какие практики обеспечивают reproducibility?
4. Как вы объясняете сложные биологические концепции нетехнической аудитории? Приведите пример из вашего опыта.
5. Какие подходы к интеграции ML в биоинформатику вам известны? Был ли у вас опыт бенчмаркинга моделей для биологических данных?